南岸区为中国著名的历史文化名城重庆重要的组成部分。1929年重庆建市，拓展市区范围，在玄坛庙设南岸市政管理处，管理由巴县划入的南城坪、海棠溪、龙门浩、弹子石四坊。1935年2月，正式设立重庆第四区，下半年改为第六区。1929年6月，改第六区为重庆市第十一区、二十区。1941年从巴县划入崇文、大兴两乡，设重庆市第十一区。1944年7月，第十一区分建为重庆市第十一区、十八区。其时，重庆市长江南岸并设4个区。1950年6月，在民主建政中，南岸4个区合并建立重庆市第五区、第六区。次年，郭家沱由江北县划入第六区，增建为乡。
1952年10月，两区合并为重庆市第五区，并由巴县划入文峰乡。1955年10月，第五区更名为重庆市南岸区。
1995年3月，重庆市区划调整，郭家沱街道和峡口镇的郭家沱村划归江北区，巴县的长生桥、迎龙、广阳三镇及九龙坡区花溪镇的二塘村划入南岸区。1999年，南岸区辖9个镇、8个街道。
